一、賠償款
在營運過程中所產生的賠償，可以分為彌補所受損失及賠付所失利益兩種，而賠償過程中衍生的利息也與賠償性質規定一致。而這些賠償是否需要開立發票，以及是否應該要列為收入，應視其性質及是否與銷售行為有關而定。
1.營業稅規定
(1)若賠償款是因「銷售貨物或提供勞務」而產生的違約金或賠償款（即基於交易對價關係的賠償），則屬銷售額之一部分，應開立統一發票並課營業稅。
(2)若賠償金／和解金是「純損害補償」性質（非銷售貨物或勞務給付而得），則免開發票、亦免營業稅。
(3)例如：營業人向供應商購買貨物，因營業人延遲付款，供應商予以加收利息，係屬加值型及非加值型營業稅法第１６條第１項規定銷售額範圍，供應商應於加收利息時開立統一發票報繳營業稅；反之，若因供應商所交付的貨物有瑕疵並造成營業人的損失，經協調後營業人向供應商請求損害賠償款，核非屬該項規定的銷售額，應免徵營業稅，得免由營業人開立統一發票。換句話說，賣方營業人向買方營業人所收取賠償款屬銷售額範圍，應開立統一發票；而買方營業人向賣方營業人收取賠償款則非屬銷售額範圍，得免開立統一發票。
2.所得稅規定及帳務處理
(1)上述營業稅中非屬營業稅課稅範圍者，應開立扣繳憑單，包含所衍生的利息也包括在內。
(2)收受賠償款或補償金者，若其為「填補實際財產損害」且符合民法上損害賠償的性質，可主張為免列收入。例如：因車禍導致公司車輛受損，肇事者或保險公司給予的車輛維修費，此屬於彌補所受損失，因此免列收入。
(3)但若為「非補償性」「或與經常營業活動有關的賠償金」，可能被視為其他所得或業務收入，須計入課稅。例如：上例中，除了維修費用外，另外給予的因車輛無法營運所造成的損失，此類就屬於收入，應列其他收入課稅。
(4)帳務處理方面，若公司預計會收到賠償款，會計上應採權責發生制，在債權確定時（例如法院判決確定）應入帳作「其他收入 — 應收違約賠償款」。若為支付方（公司支付給他方之賠償款），視性質為損失、費用或其他扣除項，須判定是否可列為費用支出（但若為罰鍰或懲罰性質款項，不可列為費用）。
二、補助款
1.營業稅規定
(1)補助款是否需開立統一發票、報繳營業稅，關鍵在於是否「因銷售貨物或提供勞務」而收取。若是「無對價關係」的補助款，則可免開發票且免營業稅。
(2)若補助款係作為對價（例如政府委託某企業提供服務或成果歸政府所有），即視同銷售貨物／勞務，應開立發票並課營業稅。
2.所得稅規定及帳務處理
(1)一般原則：營利事業取得政府補助款，除有明訂免稅規定者外，應於取得年度列為其他收入，計入營利事業所得額課稅。
(2)若補助款是用於「購建折舊性固定資產或增置設備」專案，則可以按該設備耐用年數，分年平均認列該補助收入。
(3)特例：例如因嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例（紓困條例）規定而受領補助款，可免納所得稅。
(4)帳務處理時，應檢視補助款是否有自行負擔項目，如有自行負擔項目應確認已經入帳且未重複入帳，也不能列為收入減項而僅以收入淨額入帳。如屬有對價關係之補助款，已開立發票，則可依據性質列入銷貨收入，相對的支出項則列為銷貨成本，並於摘要中揭露有申請補助。
三、實務建議事項
- 契約／補助文件細讀：確認用途、是否需提供勞務或貨物、成果歸屬、是否回饋政府或返還款項。
- 判斷「對價關係」：補助是否與某項服務／成果直接交換，是判定是否課營業稅的重要指標。
- 設備專案補助特殊處理：若補助款用於購置設備／增資設備，可能適用分年認列收入及折舊規定。
- 賠償款的性質區分：必須判斷是否屬「損害補償」而非「營業收入」，也要注意公司為收受或支付方之不同會計處理。
- 及早入帳並按權責制處理：例如賠償款已判決確定，即便尚未收到現金，也應認列應收款項。
- 確認免稅條件：比如紓困條例等特殊條件下，補助款可免課所得稅，但須符合該法條規定。
- 記錄憑證與開立發票：若須開發票，務必依規定開立；若屬免開發票的補助或賠償款，也應妥善保存相關憑證，並確認是否應開立扣繳。