近來針對一些新創事業輔導時，常常會碰到需要提出報表，卻被質疑可信度的問題。這來自於很多新創事業剛開始經營時，為了能夠節省支出，因此少了財會的職務人員。這些事業會將財會的工作交給帳務經驗不足的員工，或者是外包給外面的會計服務機構或人員處理，同時又希望能以少繳稅為目的，只要報表能符合國稅局需求的最低標準去編製帳冊，而公司內部另有一套隨著資金流的存摺帳，這種狀況也就是俗稱的兩套帳。
要了解兩套帳前，要先知道甚麼是一套帳；就是公司之實際營運狀況，不論收入及支出是否有取得合乎稅法的憑證，只依據公司的內部控制制度所制定之規範及台灣公認之會計準則入帳，並且配合現金及銀行存款等真實收支狀況去調節應收應付款項，這方式所編製的報表就是一套帳。一套帳麻煩的在於兩個面向：一是內部控制制度的建立。完整的內部控制制度是為了避免人為的疏忽及舞弊，但也造成了內部控制制度的建構十分複雜；二是內部控制制度的施行。制度再完美也要能真實落實與執行，及建置內部稽核制度來查核。而很多企業不願意採用一套帳也在於認為一套帳太麻煩，雖然企業也知道這樣出來的報表較為透明又真實。其實內部控制並不需要一開始就採用全面又複雜的版本，可以委請顧問設計出一套企業現狀可以接受的縮小版本，僅維持低度人力需求又高效的內部控制制度。像是很多人都聽過的管錢不管帳，盡量採用銀行轉帳或支票收付款等，就能避免因為沒有職能分工或者是現金易被盜取等人員舞弊的風險。良好的內部控制才能幫助公司步上正軌，帶出一套帳的價值，遇到國稅局查核，也可以依據真實的金流及其他內部控制文件來證明收支的真實性，避免租稅查核處罰的風險。
而會形成兩套帳的原因大致上有下列幾種：
1.家族企業為主，忽視專業分工
台灣的中小企業多數為家族企業，而中小企業佔台灣企業總家數為九成以上，其中家族企業就佔了七至八成，甚至上市櫃公司中，也不乏家族企業。家族企業中，因為內部股權集中，資本市場壓力小，在盈餘管理的動機下，稅負考量會凌駕於財務報導需求，管理者以少繳稅為盈餘管理的主要目的。
2.會計制度不健全
中小企業因為員工人數受限，常常一人身兼數職，或者是將最重要的會計工作交付給非專業的家族人員，此時常常會為了避稅，透過隱匿收入、虛增成本費用及用關係人交易等方式操弄財報。或直接將會計工作委外辦理，而會計服務機構或個人因低價搶案，自然就只能只針對有憑證的收入及費用入帳，忽略最重要的金流，並採用所得稅法的擴大書面審核為營利事業所得稅之申報方式，而忽視公司真實的稅捐。
3.藉由未分配盈餘規避股東個人稅負
取得股利對於個人及營利事業來說，是不同的稅負。在個人取得股利時，於綜合所得稅，應併入所得總額課徵稅捐；而營利事業則為免稅，因此所得稅法曾改革並實施兩稅合一，企業所繳納的營利事業所得稅，可於分配盈餘時，列為股東個人的可扣抵稅額。依據汪瑞芝與陳明進(2003)研究顯示，兩稅合一確實減輕股利稅負，進而提高公司發放股利之效益，大幅降低企業透過股利政策規避稅負動機。但為了配合國際租稅改革，我國於2018年取消該制度，降低未分配盈餘稅，讓企業又回復寧可支付未分配盈餘稅，也不願意帳面申報股利，但是實質上股東已將股利取回，使得企業帳面上現金不足，而虛增股東往來的現象大增。
4.利用擴大書審節省稅負
現行的營所稅決算申報方式，分為擴大書面審核申報及非擴大書面審核申報。所謂的擴大書面審核申報，係指企業於特定條件下(收入總額低於3000萬，不逾期申報納稅等)，於營利事業所得稅結算申報時，利用財政部公布的擴大書審純益率來計算出所得稅額繳納。依據財政部財政資訊中心統計，112年全國1,092,714申報案件中，採用擴大書面審核申報件數高達635,722件，佔全部申報件數58.18%，足見採用擴大書面審核方式申報之普遍性。而會產生這種現象，經由學者研究稽徵機關的審核方式及法規，由於案件量之於稽徵人員來說實屬過量，因此營利事業就會有僥倖心態，加之即使稽核，也有著所得稅法83條規定，即使不提示帳證，最高不得超過同業利潤標準核定的規定，因此產生投機心理，通常採用不提示帳證，此為嚴重扭曲會計制度與納稅觀念。
兩套帳的租稅風險則可以分成兩個方面來討論：
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營業稅
一般企業營業稅制度採用的是加值型營業稅，也就是採用發票開立的銷項稅額減除取得憑證的進項稅額之餘額去納稅，反過來說，納稅金額加上進項稅額會等於銷項稅額。營業稅想要避稅就兩個方法，多拿進項，少開發票，而這兩個恰巧也是兩套帳常碰到的問題。採用這兩種方法最直接的問題就是金流不符；憑證與發票可以假，但是金流不能；應收的錢跟應付的錢，除非用現金交易，否則一定會通過銀行，這就會造成銀行金流與憑證有著差異存在。憑證、金流及貨流三者能一致與取得，是營業稅查核的重心。近來洗錢防制法賦予了國稅局查核銀行金流的權利，國稅局幾乎都會採用金流來反向查核，也造成兩套帳的風險提高不少。
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營利事業所得稅(營所稅)
營所稅的前端是營業稅，當採用不當方法規避營業稅，會影響到營所稅的申報，收入低報、支出高報，會使銀行存款金額與帳列不符，帳列會低於實際，報表為了平衡就會高列股東往來來平衡，這當然也成為國稅局查核的重點。抑或是營業稅沒有規避，但是由於有些支出無法取得合法憑證，例如採用小三通進口大陸貨物、部分員工薪資無法申報、違法交際費無法列支等原因，造成支出低列，但是依據規定就算是要採用書審申報，帳列損益率要先低於書審率才能使用，此時只能虛報支出才能壓低帳列損益率，壓低的方法通常有低薪高報，虛設支出名目，或者是另設公司開立開立虛假發票等，這些都會在營所稅申報中形成高度的租稅風險。
要防止上述的問題，最好的方法是想辦法將兩套帳導回一套帳，除了可以降低租稅風險，也相對地可以提高帳務的透明度，讓投資人可以對企業的報表更加的信任，強化投資的意願。如果對於自己的帳務有無租稅風險或者是內部控制有疑問，建議可以找會計師事務所提供顧問服務，建構一套最適合企業運營的控制制度，讓企業依靠制度營運，而不是只靠人營運。